Szczególne misterium ofiarowania Matki w zjednoczeniu z Chrystusem ukrzyżowanym dokonywało się we wrześniu 1939 roku, gdy podczas bombardowania Warszawy została ciężko ranne - zmiażdżone oko i złamane przedramię. Konieczne operacje przeprowadzono po parodniowym exodusie ze szpitala o szpitala, przy czym wyjęcie zmiażdżonej gałki oka bez znieczulenia. Do doświadczenia niezmiernego bólu przyznała się sama Sługa Boża, mówiąc: "przechodziłam w życiu dwie ciężkie operacje i wszystko to było nic, zupełne głupstwo, w porównaniu z tym bólem, który miałam teraz".
Rzeczywistość okupacyjna nie zgasiła niespożytej energii i postawy mężnej niewiasty. Po miesiącu rekonwalescencji Sługa Boża powróciła do Lasek, by przewodzić i towarzyszyć pracom nad przystosowaniem budynków Zakładu w części zbombardowanych i zniszczonych dla przyszłej działalności edukacyjno-wychowawczej wśród dzieci niewidomych. Z niewielką grupą sióstr franciszkanek wspierała każdą osobę potrzebującą pomocy i przyjęła także trzydzieścioro dzieci osieroconych w wyniku działań wojennych we wrześniu 1939 r.
Czas okupacji, w szczególny sposób wymagał dojrzałości sióstr oraz ich zaufania w opiekę Bożą. Dlatego też matka częściej niż kiedykolwiek w konferencjach tłumaczyła specyfikę sytuacji oraz sposób zachowania, który pomimo wielu trudności miałby świadczyć o miłości Boga i bliźniego. Przechodząc więc ponad wszelkimi niechęciami narodowościowymi mówiła:
Nie wolno nam sobie pozwalać na najmniejsze niechęci, złe uczucia do kogokolwiek, nawet w stosunku do wrogów, za których mamy obowiązek modlitwy. (...) prośmy, by z serca Pana Jezusa płynęła dla nas łaska, ta wielka łaska, która sprawia, że będziemy z miłością odnosić się do wszystkich ludzi, która obejmuje i wrogów naszych".
Zachowanie miłości wobec nieprzyjaciół nie zakładało jednak postawy równoznacznej z całkowitym podporządkowaniem się okupantowi, ponieważ Sługa Boża podkreślała prawo do słusznej obrony. Zachęcała siostry przede wszystkim do modlitwy i do ofiary w intencji przemiany w duszach nieprzyjaciół, a gdy zajdzie konieczność spotkania, umieć w obecności nieprzyjaciół zachować się z "godnością człowieka posiadającego cnoty, dobre wychowanie i umiejętność obcowania z ludźmi". Dlatego też gdy na terenie zakładu pojawili się ranni oficerowie niemieccy lub zagubieni spadochroniarze, wszyscy otrzymali pomoc. W archiwum Sióstr FSK znajduje się list oficera niemieckiego, w którym dziękuje za pomoc jego żołnierzom rannym we wrześniu 1939 roku. Wspomina też, że gdy w pierwszych miesiącach wojny przyjechał do Lasek, żeby osobiście podziękować za ten gest głęboko ludzki, Sługa Boża, nie znając jego intencji, odmawiała spotkania. Zgodziła się na nie dopiero po wstępnym wyjaśnieniu. Od tamtej pory oficer nazywał ją "sehr heilige Mutter". Siostra zakrystianka wspomina natomiast inne spotkanie Matki z kapelanami wojsk niemieckich, którzy na przełomie lat 1944-1945 codziennie odprawiali Mszę św. w kaplicy zakładu. Jednego z nich widziano płaczącego przed krucyfiksem i prawdopodobnie ten sam otrzymywał także intencje od Matki, lecz ofiarę pozostawiał dla dzieci niewidomych.
W tym czasie bardzo trudnym, szczególnie jasno dała się zauważyć roztropność Sługi Bożej, która umiała wybrać słuszną linię zachowania prawa narodu do obrony. Gdy po niedługim czasie okupacji w Puszczy Kampinoskiej rozpoczęły zgrupowanie oddziały Armii Krajowej, dała pełne przyzwolenie na szeroką współpracę partyzantów z pracownikami Zakładu. Pomimo świadomości dużego zagrożenia, zezwalała na odprawy komendanta AK Józefa Krzyczkowskiego z oficerami na terenie Zakładu, który stał się także punktem przekazu broni i żywności dla partyzantów. Na wątpliwości komendanta, czy wolno ryzykować życie dzieci i młodzieży niewidomej odpowiedziała krótko: "decyzja podjęta w 1939 roku - walki o wolność - obowiązuje i teraz". Będąc odpowiedzialną za wszystkich członków Dzieła, nie zezwalała jednak na urządzenie żadnej akcji zbrojnej przeciw okupantowi. Była bowiem w pełni świadoma ciężkich konsekwencji akcji, która na pewno spowodowałaby krwawy odwet Niemców. Mimo wszystko, zakład i tak był nachodzony przez niespodziewane kontrole Gestapo, które poszukiwało żołnierzy AK. Żaden z partyzantów nie został wydany, nawet w momentach największego zagrożenia. Natomiast Matka swą obecnością dodawała odwagi, choć dbała także, by wszyscy poprzez spowiedź byli przygotowani na najgorsze.
Gotowość Matki na pomoc okazała się również, gdy Niemcy skierowali w okolice Warszawy oddziały ukraińskie i mongolskie, które napadały na wsie a dziewczęta i kobiety z dziećmi uciekały do Zakładu z nadzieją na pewniejszą ochronę. Jak wspomina Zofia Wyrzykowska: "nie zawodziła ich dziwna wiara, że w zakładzie nie stanie się im nic złego. Rozszalałe żołdactwo jakby się dobijało o niewidzialne granice zakładowe".
W czasie poprzedzającym Powstanie Warszawskie 1944 roku Sługa Boża zdecydowała także o zorganizowaniu szpitala powstańczego w jednym z internatów. Jednym ze świadków naocznych postawy mężnej niewiasty stał się także Sługa Boży Stefan Kard. Wyszyński, który jako "ksiądz profesor", już prawie od dwóch lat współpracował z Matką Elżbietą. Wspominał tamte czasy jeszcze po ponad dwudziestu latach od zakończenia wojny:
Patrzyłem wtedy na Matkę i myślałem sobie, skąd w tej kobiecie (...) taka odwaga, żeby wystawiać dzieło na wszelkie niebezpieczeństwa związane z czynnym zaangażowaniem się w postanie. Nie był to bowiem tylko szpital (...) był tutaj i ośrodek aprowizacyjny, i łączniczki, i szpital cywilny, i wiele innych rzeczy. (... Matka) uważała, że trzeba okazać postawę mężną, bo tego wymaga w tej chwili cały świat. (...) Odsłonił mi się wtedy zupełnie nowy obraz człowieka, który dotychczas był tylko oddany modlitwie i służbie ociemniałym. (...) Byliśmy tutaj nieustannie zagrożeni. (...) Wszystkie nabożeństwa odbywały się normalnie. A Matka dla nas wszystkich była źródłem pokoju, równowagi i gotowości służenia".
Podczas Powstania, i później, przez zakład przechodziły niezliczone tłumy wysiedleńców z Warszawy. Bywało około 700 osób dziennie. Wszyscy pracownicy zakładu, dawali zrozpaczonym ludziom schronienie, oparcie moralne i żywność, dzieląc się do ostatka. Matka, nie mogąc sama pomóc, długie godziny spędzała na modlitwie, będąc stale informowana o bieżącej sytuacji. Gdy w pierwszych dniach listopada, w obliczu zbliżającej się ofensywy wojsk radzieckich groziła całkowita ewakuacja zakładu, poleciła wcześniejszy wyjazd grupie 60 najsłabszych osób. W tych dniach mówiła:
"Teraz ludzkość przechodzi straszne męki (...). Jeżeli człowiek rozumie, że nie ma niczego, co by nie było dopuszczone przez Boga, to widzi we wszystkim miłosierną rękę Boga, który używa cierpienia dla dobra człowieka. Jeśli przyjmujemy wszystko, co nas spotyka, wszelkie próby i dolegliwości z ręki Bożej, to na pewno dojdziemy do szczęśliwej śmierci, a po śmierci do nieba".
Sługa Boża razem z najbliższymi współpracownikami pozostała na miejscu, czekając w niepewności na dalszy przebieg działań wojennych. Cisza, jaka nastąpiła po wielotygodniowym ostrzale, oznaczała dla matki Czackiej koniec, a jednocześnie początek nowej rzeczywistości. Wyczerpana warunkami życia, chorobami oraz napięciem i ciężarem odpowiedzialności zaczęła chorować.